2022年10月27日木曜日

生化学実験のTips(蛋白質精製)

学生の時から生化学の実験を始めて早幾星霜という感じで、今ではすっかりベテランです。色々な実験のTipsをどこかにまとめておこう思っているのですが、一向に気が向きませんでした。とりあえず思いつくままに、ここにコツコツと書き溜めて置ければと思っております。

BigDyeで反応させたシークエンスPCR溶液の簡単エタ沈(エタノール沈殿)
現在の研究室では、DNAの配列解析は、シークエンスPCR溶液を乾燥ペレットにして受託会社に送付しております。シークエンスPCRは溶液量を10uLにして行っています。以下のプロトコールは、PCR後の溶液に対して行います。
1. Add 40uL 80% Ethanol
2. Incubate room temperture (r.t) for 15min
3. Centrifuge 150,000rpm, 10min, r.t
4. Remove sup
5. Add 125uL 70% Ethanol
6. Centrifuge 150,000rpm, 10min, r.t
7. Remove sup & Dry up
8. Submit to Azenta

蛋白質精製の基本、SDS電気泳動
自作CBB染色液 (500mL)
CBB R-250: 1.25g
10% EtOH: 250mL
10% Acetic acid: 50mL
MilliQ: 200mL
*メタノールではなく、エタノールで作るのがポイントです。廃液の処理が楽だからです。ゲルを染色した後の脱色は水道水を入れてレンジで温めるだけで色が抜けてくれるのですごく楽です。染色した後の染色液は、別ボトルに回収しておけば、何度も使用可能です。

ゲル作成装置(10枚用ミニゲル作成槽兼グラジェント作成槽、NA-1610、日本エイド⁻株式会社)
電気泳動のゲルが10枚まとめて作成可能なのでとても便利です。
私が普段使用している12% アクリルアミドゲル10枚用のレシピは下記の通りです。
まずSeparateゲル溶液を全量入れ、イソプロパノールの重層します。ゲルが固まったらイソプロパノールを除き、Upperゲル溶液を1枚のゲル辺り1.6mL程度入れ、コームを指します。

                                                                    Separate        Upper
30(w/v)%-アクリルアミド/ビス混合液(29:1)        39.6mL        2.65mL
(ナカライテスク株式会社、06141-35)
WIDE RANGEゲル調製用緩衝液(4倍濃縮)             24.75mL    5mL
(ナカライテスク株式会社、07831-94)
MilliQ水                                                            33.66mL    12.15mL
10%(w/v) SDS                                                990uL        200uL
10%(w/v) APS                                                990uL        200uL
TEMED                                                            66uL        20uL

普段は10枚ずつまとめて作成し、コームが刺さったままの状態でゲルの周りを濡れたキムワイプで覆い、ラップでくるんだ状態で冷蔵庫に保存しています。ゲルが乾燥しなければ1~2週間くらいは使用可能です。