夜の光ヶ丘公園にて（秋）

やっと涼しくなってきたので夏の間になまってしまった体をいじめています。夜の光ヶ丘公園も、ちょっと見ない間にセミの声から鈴虫の声に様変わりしていました。

雨が多いのでカエルがそこかしこにいました。物静かに佇む姿が何か哲学的でした。

たしかコウガイビルです。大阪府箕面市に住んでいた時に山でよく見ました。東京では滅多に見かけませんでしたが、光ヶ丘公園の近くの生垣にいました。都会育ちだけあって小さいですね。大阪のは蛇かと思うくらい大きいのがいました。

論文紹介 (マラリア原虫のトランスロコンに関するクライオ電顕解析)

研究室の論文紹介で取り上げられた論文がとても面白かったので、ここにも転載します。

Malaria parasite translocon structure and mechanism of effector export
Chi-Min Ho, Josh R. Beck, Mason Lai, Yanxiang Cui, Daniel E. Goldberg, Pascal F. Egea & Z. Hong Zhou
Nature 561, 70-75 (2018)
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/30150771

Abstract
The putative Plasmodium translocon of exported proteins (PTEX) is essential for transport of malarial effector proteins across a parasite-encasing vacuolar membrane into host erythrocytes, but the mechanism of this process remains unknown. Here we show that PTEX is a bona fide translocon by determining structures of the PTEX core complex at near-atomic resolution using cryo-electron microscopy. We isolated the endogenous PTEX core complex containing EXP2, PTEX150 and HSP101 from Plasmodium falciparum in the 'engaged' and 'resetting' states of endogenous cargo translocation using epitope tags inserted using the CRISPR-Cas9 system. In the structures, EXP2 and PTEX150 interdigitate to form a static, funnel-shaped pseudo-seven-fold-symmetric protein-conducting channel spanning the vacuolar membrane. The spiral-shaped AAA+ HSP101 hexamer is tethered above this funnel, and undergoes pronounced compaction that allows three of six tyrosine-bearing pore loops lining the HSP101 channel to dissociate from the cargo, resetting the translocon for the next threading cycle. Our work reveals the mechanism of P. falciparum effector export, and will inform structure-based design of drugs targeting this unique translocon.

（簡単な要約）マラリア原虫がヒトの赤血球内に侵入すると、マラリアの表面にPTEXと呼ばれる膜透過装置が出てきてマラリアのタンパク質を赤血球内に輸送する。このPTEXはEXP2, PTEX150, Hsp101の三種類の蛋白質からなる複合体である。今回、筆者らはマラリア原虫から単離したPTEXをクライオEMで観察することで近原子分解能のPTEXの立体構造を報告した。得られた構造からEXP2, PTEX150が七回対称を持つポア（孔）を形成し、その中央を輸送されるタンパク質が通ること。AAA+ ATPaseドメインを持つHsp101が六回対称を持ち、ポアの上部に覆いかぶさることでポアの開閉に積極的に働くことなどが明らかになった。こうしたマラリア独自のマシーナリーの解明は特異性の高い阻害剤の開発などに繋がる可能性がある。

個人的に何が感心するかというと、マラリアに感染させた赤血球から直接サンプルを取っているところで、多少危ない気もするのですがよくやったと思います。構造生物学者にとってモノ取りは非常に重要だと再認識させられました。あと、こういう超分子複合体を取ってくるときは、やっぱりFLAGタグなんですね。他でもいけると思うけど。

どんな場所にも歴史あり（東京都板橋区成増）

私が住んでいるのは東京都板橋区成増ですが、そこかしこに歴史を感じさせる場所が残っています。例えば家の近所にある二塚供養塔（ふたつか・くようとう）ですが、戦国時代にこの辺で亡くなった人を弔った碑だそうです。その碑を地域の人たちで五百年以上守り続けているというのはとてもすごいことだと感心します。

以前住んでいた大阪府箕面市にも「ぼろ塚」という塚があって、何と徒然草に出てくる場所だったので驚いたことがあります。別に人が集まっているのでもなく、ただ立て札が置いてあるだけの場所だったのですが。

ちょっとした場所に思わぬ歴史があったりするのが面白いですね。

相撲の番付表を飾ってみる

先日、国技館で大相撲を見た時に買った番付表（55円）を壁に飾ってみました。独特の字体で趣きがあっていいですね。以前は50円だったと記憶しているのですが、5円値上がりしたようです。勝負の世界がこの一枚に凝縮されているので細かく見ていると色々面白いです。たとえ幕の内で土俵を沸かせた人気力士でも怪我をして休んでしまうとその分だけ番付が下がってしまう、厳しい世界ですね。

両国国技館での大相撲観戦

大相撲の本場所は奇数月に開かれるので１年間に六場所あり、そのうち1月、5月、9月が両国国技館で開催されます。私が国技館で年三回の大相撲観戦をするようになって、もう何年にもなります。昨日も性懲りもなく行ってまいりました。大の贔屓力士は、郷土の英雄、稀勢の里関です。

まだ本名の萩原が四股名だった頃から応援しています。朝青竜関との白熱した取り組み、白鵬関の連勝を止めた一番、すべて記憶に残っております。一日でも永く頑張って欲しいと願っています。

国技館の壁に掲げられた二枚の優勝掲額です。

稀勢の里関の横綱土俵入りと取り組みが見られて感激です。会場にはテニスの大坂なおみ選手が来られていたとのことでしたが、末席からだとよくわかりませんでした。

本郷もかねやすまでは江戸の内

仕事場のある文京区本郷は江戸時代では江戸のはずれに位置していたそうです。現在の本郷三丁目の交差点にある、かねやすというビルの所には「本郷もかねやすまでは江戸の内」という当時の川柳が掲げられています。ちょうど中山道（国道17号）に面しているので、昔の旅人はこの辺を通るときに江戸を離れる寂しさとか故郷に帰る喜びとかを感じていたかもしれません。で、巣鴨でお参りして、最初の宿場町の板橋を目指したのでしょう。

東京メトロ丸ノ内線の本郷三丁目駅のエスカレーターにも、本郷三丁目が江戸との境界であったことが示されていました。ちなみにかねやす前の交差点を渡った本郷通りの所を見送り坂というそうです。坂ってほどの傾斜はないんですけどね。昔の江戸は意外と狭かったんですね。

初めての東京六大学野球

職場で9月9日の東京六大学野球秋季リーグ戦の招待券をいただいたので、神宮球場へ見に行ってきました。成増からだと地下鉄副都心線で北参道駅まで行って（片道237円）、そこから10分くらい歩いて神宮球場まで行きました。六大学野球は言わずと知れたプロ野球より長い歴史を誇る伝統のあるリーグ戦ですが、実際に見るのは初めてでした。観戦した試合は早大対法大で、延長11回までもつれる好ゲームとなりましたが7-6で早大が勝ちました。特にどこが贔屓というほど詳しくもないのですが、三塁側内野席の早大応援席の近くにいましたので何となく早大を応援しておりました。

試合は面白かったのですが、残暑が厳しく直射日光もきつくてつらかったです。腕が日焼けしてヒリヒリしました。

神宮球場で野球を見るのは二回目でした。そういえば一回目も三塁側から見ていたを思い出しました。ファールボールを取るとピンバッジをもらえるとあって、試合中は気合入れて構えておりましたが、飛んできませんでした。

危険物取扱者乙五類の勉強（その１）

第五類

自己反応性物質：分子内に酸素を含有し、自己燃焼しやすい固体または液体

特徴

可燃性の固体または液体

分子内に酸素を含有しており自己燃焼する

引火性を有するものがある（硝酸メチル、硝酸エチル）

自然発火するものがある（ニトロセルロース）

爆発性の金属塩をつくるものがある（ピクリン酸）

保管方法

火気厳禁

引火性を有する者は、可燃性蒸気の滞留を防ぐため、換気が必要

冷暗所貯蔵

指定数量：

要・密栓（メチルエチルケトンパーオキサイドは除く）

密栓すると分解が促進されるものについては通気性を確保する（メチルエチルケトンパーオキサイド）

乾燥すると爆発の危険性が増すものは、乾燥状態を避けて保管する（過酸化ベンゾイル、ピクリン酸）

消火方法

水、強化液、泡による冷却消火

乾燥砂による窒息消火（アジ化ナトリウムのとき）

指定数量
第１種自己反応性物質：　１０ｋｇ
第２種自己反応性物質：１００ｋｇ

エクセルで勤務時間表を作ってみる

私自身は裁量労働制で働いているのであまり縁がないのですが、研究室によっては学生さんの作業の目安として滞在時間を記入させているようです。ちょっと興味がわいたのでエクセルで極々簡単な勤務時間表を作ってみました。まず、右列から日付、曜日、出勤時間、退勤時間、滞在時間を割り当てました。関数を使った場所は、曜日の表示の所の=TEXT(セル, "aaa")と、滞在時間の算出で=TEXT(退勤時間-出勤時間, "h:mm")としたところの二か所です。

四回生の卒業研究で研究室に配属された時に、とある先生から「勝負は最初の三年間（卒業研究＋修士課程）で決まる」とか、「優秀な研究者は週７０時間働く」とか聞かされたことを思い出します。あれから二十年間近く経過したにもかかわらず、一度もそこまで頑張れたことがないのでお恥ずかしい限りですが、今の職場で学生さんが必死に頑張っている姿を見ると自分ももう少しやらなあかんと感じる今日この頃です。

上の準備をしておけば、下のように時間を入力すれば滞在時間を算出できます。
あとは下の方に=SUM(xx:yy)とかで合計を出すようにすれば週単位、月単位で合算できます。

追記：　上では滞在時間をTEXT(X-Y, "h:mm")で表示しましたが、それだと合計するときに不都合があるようでした。その時は単に、X-Yとした方が良いようでした。

危険物取扱者乙三類、乙五類試験にかかった経費について

今年の七月に危険物取扱者乙四類を取得したのですが、目標とする甲種危険物取扱者になるためには、乙類を四つ以上（１類or６類、２類or４類、３類、５類）必要とのことですので、あと三つ取らなければいけません。ということで十月の乙三（自然発火性及び禁水性物質）、五類（自己反応性物質）の試験に申し込んできました。かかった経費は以下の通りです。

受験料：4,500円×２＝9,000円
振込手数料：130円×２＝260円
郵送料（特定記録）：280円
合計：9,540円

なんと、合計一万円くらいかかりました。高いよ～、苦しいよう・・・
これは絶対真剣に準備しなければいけませんね。
大学の時に化学科を出ておけば、最初から甲種の受験資格があるので問題なかったんです。生物科なんて選択したのが間違っていたと少し後悔しました。今更だけど。

危険物乙三類の勉強（その２）

今日も引き続き乙三類の試験対策メモ

乙三類と引火点
第三類の危険物はほとんど固体なので引火点はないが、液体で引火点のあるものは２つ。
ー＞トリクロロシラン、ジエチル亜鉛

トリクロロシランの性状
無色の液体
引火点は-２７℃
酸性、有毒、刺激臭
ベンゼン、ジエチルエーテル、二硫化炭素に溶解する
水と反応して塩化水素ガスを発生（下記参照）

ジエチル亜鉛の性状
無色の液体
比重は１より大きい
空気中で直ちに自然発火
ベンゼン、ジエチルエーテルに溶解する
水と反応してエタンガスを発生（下記参照）
不活性ガス中で貯蔵

水との反応によって発生する気体ごとにまとめる
・水素を発生する
　　アルカリ金属（Li, Na, K）
　　アルカリ土類金属（Ba, Ca）
　　水素化ナトリウム
　　水素化リチウム

・塩化水素を発生する
　　トリクロロシラン

・リン化水素を発生する
　　リン化カルシウム

・メタンガスを発生する
　　炭化アルミニウム

・アセチレンガスを発生する
　　炭化カルシウム

・エタンガスを発生する
　　ジエチル亜鉛

危険物乙三類の勉強（その１）

危険物乙三類の試験対策メモ

危険物乙三類：自然発火性及び禁水性物質
（「物質」とあることからわかる通り、固体と液体を含む。）

品名
１．カリウム
２．ナトリウム
３．アルキルアルミニウム
４．アルキルリチウム
５．黄リン
６．アルカリ金属およびアルカリ土類金属
７．有機金属化合物
８．金属の水素化物
９．金属のリン化物
１０．カルシウム又はアルミニウムの炭化物
１１．その他のもので政令で定めるもの
１２．前各号に掲げるもののいずれかを含有するもの

共通する性質
１．空気又は水と接触することで発火又は可燃性ガスを発生する
２．ほとんどの物品は、自然発火性、禁水性の両方の性質を持つ
例外）　黄リン：自然発火性だけをもつ
　　　　　リチウム：禁水性だけをもつ

消火方法
炭酸水素塩類等を用いた粉末消火薬剤
乾燥砂、膨張ひる石、膨張真珠岩
注意！：第三類の危険物の中には二酸化炭素と反応するものがあり不適当
注意！：第三類の危険物の中にはカリウムやナトリウムなどのような還元性の強い物質とハロゲン化物消火剤と反応して有毒ガスを放出するものがあり不適当

指定数量
カリウム、ナトリウム・・・１０ｋｇ
アルキルアルミニウム、アルキルリチウム・・・１０ｋｇ
黄リン・・・２０ｋｇ
第１種自然発火性物質及び禁水性物質・・・１０ｋｇ
第２種自然発火性物質及び禁水性物質・・・５０ｋｇ
第３種自然発火性物質及び禁水性物質・・・３００ｋｇ

保存方法
直射日光があたらない冷所保存
カリウム、ナトリウム・・・灯油中で貯蔵
黄リン・・・水中保存

その２はこちらから